而前，齐声说道：“我们这些臣子，吃的是先帝的饭，穿的是先帝的衣，先帝对我们的养育之恩有如天高海深。如果不立先帝之子，我们宁可从死先帝于地下！”实际上是以武力威胁多尔衮不得觊觎帝位。在这种形势下，多尔衮不得不作出让步，提出拥立皇太极第九子、六岁的福临继位，由自己和郑亲王济尔哈朗一同辅政。这一折衷方案最终为双方所接受。福临即位，改明年为顺治元年。
多尔衮摄政之后，党同伐异，擅权自重。他首先打击的就是他的争位对手豪格及其拥护者。鳌拜本是豪格的坚定拥护者，又不阿附多尔衮，也遭到残酷打击。
其中论死三次，终究，鳌拜熬到了多尔衮死，顺治亲政，终于成为议政大臣，位极人臣。
顺治亲政后，对鳌拜极为敬重，视为心腹重臣。从此以后，鳌拜随侍顺治身边，直接参与管理国家各类事务，如商讨本章批复程序、联络蒙古科尔沁部、协和太后与皇帝之间的关系、祭奠过世王公妃嫔、协助会审案狱，并倡议“大阅以讲武”，自教武进士骑
，等等。顺治十三年，鳌拜旧伤复发，卧床不起，顺治亲临鳌拜府邸去看望慰问。顺治十四年冬，孝庄文皇后病重，顺治朝夕侍侯。鳌拜昼夜于宫中侍候，都顾不上自己休息吃饭，深获顺治帝的赞赏。
顺治十八年正月初八，年轻的福临去世。顺治立下遗诏，指定由皇三子玄烨嗣位，以索尼、苏克萨哈、遏必隆、鳌拜为辅政大臣。
四辅臣之首索尼，四朝元老，位望隆重，但已年老多病，畏事避祸。苏克萨哈属正白旗，原本依附多尔衮。多尔衮死后，朝局一变，苏克萨哈出来告发刚刚死去的多尔衮，因此受到顺治重用，在四辅臣中名列第二。正由于苏克萨哈是从多尔衮那边分化出来的，索尼等人都瞧不起他。鳌拜与苏克萨哈虽是姻亲，二人却常常因政见不合而发生争论，宛如仇敌。列名第三的遏必隆出自名门，但为人庸懦，遇事无主见，又属镶黄旗，常常附和鳌拜。鳌拜虽居四辅臣之末位，但由于资格老，军功高，常常气势夺人，却得以擅权自重，日益骄横，开始走上专权的道路。
费扬古之子倭赫是康熙身边的侍卫，在御前对鳌拜表现得不怎么礼貌，鳌拜对此深为衔恨。康熙三年四月，鳌拜遂以倭赫等人擅骑御马、取御用弓矢鹿之罪名将其处死。费扬古对鳌拜痛恨不已，鳌拜又以“怨望”的罪名，将他及其子尼侃、萨哈连一并处死，家产籍没，给予都统穆里玛。费扬古一门惨遭家破人亡之祸。
鳌拜没有想到却有三个不怕死的官员敢于违拗自己换地的要求。他对户部尚书苏纳海、直隶总督朱昌祚、巡抚王登联三人极为恼怒，分别以苏纳海“藐视上命”、拨地迟误，朱昌祚、王登联“纷更妄奏”的罪名，俱论死罪。康熙虽然年幼，但心知苏纳海等三人并无大罪，只因惹怒了鳌拜而被妄加罪名而已，于是召集辅政四大臣询问意见。鳌拜坚持要将三人处以极刑，索尼、遏必隆附和，苏克萨哈知道自己若反对极易惹火烧身，只好沉默不语。但小皇帝不允鳌拜所奏，只是批准刑部拟定的处罚，即将三人各鞭一百，没收家产。鳌拜公然无所顾忌，最终竟矫旨将三人处死。然后，鳌拜强行换地。
康熙六年六月，索尼病死。索尼虽然在生前未能遏制鳌拜的势力，不过他临死前的一个动作却在其身后造成解决鳌拜问题的良好转机。这年，小皇帝玄烨已年满十四岁，索尼上书，请小皇帝遵循先帝顺治十四岁亲政的先例，开始亲政。七月，康熙亲政，加恩辅臣，仍命佐理政务。
皇帝已经亲政，却又无法应对鳌拜的威胁，苏克萨哈便上疏请求解除辅臣之任，愿往遵化守护顺治陵寝。这个举动别有意味，那就是既然苏克萨哈已经卸任，那么鳌拜、遏必隆两人按理也应辞职。这一招触及到鳌拜的要害，可鳌拜却不想就这样退出政治舞台。于