朝廷对于杨乃武一案的涉案及不涉案人员的处置狠辣之极，十月初七日，朝廷有上谕明发天下，洋洋洒洒，数万言之多，只是叙述案发经过到胡瑞澜奉旨复训，以及王书瑞、边宝泉等人的参奏，首尾之间，就花了很多笔墨。
最要紧的部分，当然是刑部提审的经过，首先是提出疑问，接着是破除疑问，其中最要紧的一条就是葛品莲到底中毒也未？
等到用文字尽数解释清楚，判明责任，自然依律定罪，是从余杭县仵作沈祥开始的，沈祥"率将病死发变尸身，误报服毒，致入凌迟重罪，殊非寻常疏忽可比，合依检验不实，央入死罪，"但因为职位低微，'照例递减四等，拟杖八十，徒二年';。
已革余杭县知县刘锡彤，"虽无挟仇索贿情事，唯始则听任仵作草率相验，继复捏报擦洗银针，涂改尸状，及刑逼葛毕氏等诬服，并嘱令章骏致函钱宝生，诱勒具结，罗织成狱，仅以'失于死罪未决本律';拟罪，殊觉轻纵，应该请重，发往黑龙江效力恕罪。"
杭州知府陈鲁，"解府提审，凭刑讯供，具详定案，复不亲提钱宝生究明砒霜来历，实属草菅人命，依'承审官草率定案，证据无凭，枉坐人罪';例，拟革职。"
宁波府知府边葆诚、嘉兴县知县罗子森，候补知县顾湛恒、龚世潼，"经学政委审此案，未能彻底根究，拟革职。"
候补知县郑锡瀛，"系巡抚派令密查案情，并不详细访查，率以无冤无滥，会同原问官含糊禀赋，拟革职。"
浙江按察司蒯贺荪，"失入死罪，本于律例，业已病故，免议。"
此外还有一个沈彩泉，刑部拟的罪责是"杖一百，流三千里。"
至于陈湖、刘海升，都已经因为不同原因而亡，自然是'均毋庸议';了。
最后是杨昌浚和胡瑞澜两个，他们两个人的情况比较特殊一点，因为有皇帝的上谕，翁曾桂和奕