地虽然设置有行省，也有巡抚，但少数民族众多，时不时的还是有叛乱，为了两地的安定，朝廷一直都没有在两地征税，也没有设置总兵，但是叛乱，都是从外省调遣兵马。现在黄得功和刘良佐忽然统帅兵马进入，立刻就引起了议论。
难道辽东之后，朝廷要在西南用兵了？
议论纷纷，但具体用意，只有内阁军机处，以及马士英这个云贵总督自己知道。
……
四月下旬。
福建水师提督郑森率将士二万五千、战船数百艘，自金门料罗湾出发，经澎湖，横渡台湾海峡，向台湾进军。
盘踞台湾的荷兰人大吃一惊，在这之前，他们还心存侥幸，以为大明不敢强来，但想不到，大明船舰居然真的出现在台湾外海了。
台湾总督揆一请求谈判。
郑森却不准，只令他们限期投降。
时间到了，但荷兰人却是不降。
三日后，利用海水涨潮，郑森率军在台南登陆，攻打普罗民遮城，随后，福建水师与荷兰军舰展开海战，击沉其军舰赫克特号，又在在北线尾地区击败荷兰步兵。其后的战役中，明军连连取胜，成功攻下普罗民遮城，随即包围荷兰人在台湾的最后据点热兰遮城。
眼见明军不可抵挡，而援兵迟迟不敢来。揆一选择投降。
七月，揆一率军向大明投降。
台湾，正式光复。