们获得在西藏政治领导层地位，但是五世达赖喇嘛系统不安于翻身，而且要获得最高权力。
如今固始汗被顺军俘杀，和硕特汗廷的军事力量和威望都遭到了沉重打击。达赖系统为了夺取西藏的政教大权，立即起兵作乱，攻杀了固始汗的长子达延鄂齐尔，不久达延鄂齐尔之子丹增达赖又从西康杀回西藏。
丹增达赖间道疾驰，跨越了荒无人烟的山区，任驮马冻饿而死，艰苦耐劳的蒙古将士们还是挺过了这段艰难的路程，以神兵天降的姿态突然出现在了五世达赖的面前。
藏军猝不及防，虽然占有兵力优势，可是骁勇善战的蒙古兵行军千里，抛弃了一切辎重，人人都知道一旦战败，绝无回家之路，因此士气高昂，死战不止，竟然一举将人数倍于本方的藏军彻底击溃。
丹增达赖随即攻占了日喀则和拉萨，继位为和硕特汗国的第二代大汗达赖汗。
他为了报父亲被五世达赖攻杀之仇，即以五世达赖行为不端为理由，将其废除，另外从前藏地方贵族中挑选了合适人选作为六世达赖。
但这也造成了雪区僧俗各界有力贵族对达赖汗政权的抵制，地方上因此叛乱不断，达赖汗忙于四面弹压地方贵族的叛变，无力整合从青海败退下来的和硕特余部残兵。
四川方面顺军趁机大举西进，由经略使苗里琛指挥部将贺珍、白文选、武大定等人兴兵攻伐西康，消灭了当地残余的和硕特余部，军至巴塘后刻碑纪石后方返回四川。
在青海一带，坐镇西宁的征虏大将军郭君镇听闻了西藏内乱的情况后，便立即派遣米剌印和熟悉青海道路的前明总兵马科，一起率领精兵八千人，自青海急速入藏。
大顺军沿途招徕雪区贵族，熟悉西藏政教内情的米剌印趁机提议打出了复立五世达赖的口号。马科同意他的意见后，顺军便获得了雪区贵族的大力支持，沿途行军毫无顾忌，星夜南下，穿越了冰天雪地的青藏高原以后，飞抵日喀则。