本打算亲赴南京主持。黄兴觉得戎伍之事非孙中山所长，乃自告奋勇请缨，于七月十四日赴南京。临行急促甚至连其夫人均未通知，直到抵南京后才致书夫人。
黄抵宁后，即召集驻南京的第一、第八两师军官会于八府塘李鸿章相府。决议组织讨袁军，响应江西。
当时南京驻军中，要塞司令吴绍璘，讲武堂副长蒲鉴，要塞第二团教练官程凤章均为袁世凯的人 ，持反对态度。黄兴当即将三人抓捕处死，以立军威。
江苏都督程德全弃职走上海后，南京方面以江苏都督程德全名义宣布独立，并任命黄兴为江苏讨袁军总司令。以黄葆仓为参谋长，许崇灏为参谋主任，秦效鲁为筹饷处长，沈缦云为造币厂厂长，朱寿颐为接收马府街袁政.府陆军部仓库专员。
同时檄令驻徐州第三师冷遹部堵击南下袁军，第一师章梓、第八师陈之骥出兵临淮关控制要隘。
南京于七月十五日慷慨誓师。