风铃铃离开绿荫镇这天，远在关东地区的真新镇，一个立志成为精灵大师的新人训练家带着一只皮卡丘出发了。
这只皮卡丘性格并不亲人，和新人训练家的关系起初很不好。
在去常磐市的路上，还什么都不懂的新人训练家因为惹到了一只烈雀，进而遭到了一大群烈雀的追杀。
烈雀和其进化型大嘴雀都是极其记仇的精灵，可谓是睚眦必报，所以这群烈雀一路紧紧追着新人训练家不放，最后皮卡丘受了伤。
为了躲避追击的烈雀，新人训练家抱着受伤的烈雀跳进了河里，然后被河边钓鱼的少女救了上来。
少年和少女相遇，命运的齿轮开始转动了起来。
少年借了少女的自行车打算带着皮卡丘去常磐市精灵中心，可是记仇的烈雀并不愿意放过少年和皮卡丘。
在和烈雀的抗争中，新人训练家和皮卡丘达成了心意相通，少年的旅途正式开始。