后，朱元璋才命令徐达常遇春征讨朱亮祖。朱亮祖困兽犹斗，勇冠三军，甚至还击伤了常遇春，令诸将不敢当其锋芒。
后来还是朱元璋亲自到前线督战，这才擒获了朱亮祖。他被绑到朱元璋面前时，大声说道：
“要杀就杀，恁若不杀咱，咱就为恁效死力！”
朱元璋遂将他释放，再度收归麾下。这回朱亮祖果然死心塌地效忠于他，为朱老板南征北战，攻坚克难，立下赫赫战功。
开国后，他在朱老板钦定的三十四位开国功臣中，名列第二十七位，获封永嘉侯！
因为之前那段经历，朱亮祖跟淮西诸将的关系淡漠，甚至跟常遇春一系的将领互相敌对，所以一直被边缘化。