驾崩，遗诏毋特修造寝庙，藏其神主于世祖庙更衣别室，并且规定：“敢有所兴作者，以擅议宗庙法从事。”章帝去世前，亦遗令藏其神主于世祖庙。此后历代诸帝皆承而不违，皇帝宗庙“同堂异室”之制于是形成，并为后世历代王朝相沿用。
所以，本朝高庙五主，高祖、文帝、武帝、宣帝、元帝。世祖庙八主，光武、孝明、孝章、孝和、孝安、孝顺、孝恒、孝灵。少帝三陵，孝炀（二岁），孝冲（三岁），孝质（九岁），三人都是在婴儿时驾崩，故而不入世祖庙。
孝怀皇帝的宗庙祭祀，是仿照四亲庙办理的。
四亲庙，出自《礼记?祭法》，天子七庙，一祖庙，二祧庙，四亲庙。本朝的始祖，自然是高帝刘邦了，二祧庙为文帝和武帝之庙，后来又附了宣帝和元帝。始祖庙和二祧庙为不迁之庙，也就是说，三位天子的神主是一直被供奉在里面不动的。
四亲庙指的是高、曾、祖、父四代的庙，是代迁之庙。因为某一天子的高、曾、祖、父到了自己儿子一辈，高祖就成了高高祖，不在四亲庙之中了；到了孙子，连原来的曾祖也退出四亲，不成为曾祖、高祖了。因此，四亲庙随着辈份的降低而代迁，它们不是永远不迁之庙，不能像始祖和二祧那样，永远得到后代的祭祀。
安葬孝怀皇帝之时，前太尉赵谦就曾经提出过异议，他担心百年之后，当今天子的神主无处安放。当时，大司马吕布提出了一个意见：“可以和孝怀皇帝的神主放在一起呀！传统兼传嗣好了！今上身后，承继大位的皇子，兼祧孝怀皇帝的法统和法嗣好了！再者说来，只是附庙，同堂异室，不必要求得过于严格。”当时之时设想，没想到现在竟然一语成谶了。
第一个出班反对的，是万户侯蔡邕，‘同堂异室’的祭祀制度，就是他老人家提出来的。
“自从周公制谥以来，天子七庙，已为成法。七庙之中，一祖庙，二祧庙，四亲庙。祖庙之中，祭祀的是本朝的始祖，不可更易，也无法更易。二祧庙之中，祭祀的都是经天纬地的君王，文帝、武帝自不必说。即便是后来附庙的宣帝和元帝，也都是有丰功伟绩的。”
“既然祖庙和祧庙不能附，那就只好打四亲庙的主意了。四亲庙指的是高、曾、祖、父四代的庙，按照本朝的规制，谁的子孙，便附谁的庙，孝献皇帝该当附孝灵皇帝之庙，与孝怀皇帝同堂异室。生为兄弟，死后同庙，更显手足情深，这也是题中应有之义。”
说到这里，蔡侯爷加重了语气。“以孝献皇帝一声的功业，连一个褒谥都得不到，又怎么能奢谈立庙呢？退一步说，孝献皇帝都可以立庙，孝怀皇帝的庙立不立？孝怀皇帝的庙立了，孝灵皇帝的庙立不立？”“然也！”“此言大善！”在座的文武百官们立刻频频点头了。
以孝灵皇帝一生的功业，若是给他立了庙，那才是天大的笑话儿。
一看群情激奋，蔡老头儿满脸义正词严，荀攸不由得大为气馁了。唉！尽人事而知天命吧！他准备再辩驳几句儿，就顺势儿收篷好了。正在此时此刻，一个清朗的声音在大殿门口响起来了。“诸君！孝献皇帝在世之时，我大汉收复西域，击破贵霜，难道不应该立庙吗？”
众人回头一看，赫然是太常马日磾。马日磾一身白衣，竹仗麻鞋，风尘仆仆，正徐徐向丹陛走来。一听此言，并州诸将所坐之处，立刻便嗡嗡声大起了。无耻！太无耻了！这是贪天之功据为己有！收复西域，击破贵霜，这可是大司马的功绩，又与大行皇帝何干？
可是，按照本朝的规制，天下，乃天子之天下，天子在世之时，所有的功绩，都应该算在天子身上的。即便天子荒淫无道，国势不张，可是，这些功绩的的确确是在他在位之时取得的。以规复西域，击破贵霜的赫赫武功，换取一个庙号，这是完全合乎本