拿不定主意，人质接连被杀
此时，要妥善处理如此大规模的人质劫持事件，全球尚无先例可循。时任俄罗斯总统叶氏要求巴萨耶夫立即释放人质，任命国家安全局局长斯特帕申为行动总指挥采取措施营救人质。时任副总理叶戈罗夫、国防部长格拉乔夫、内务部长叶林和斯塔夫罗波尔边疆区行政长官库兹涅佐夫相继赶到现场。
叶氏人权顾问和国家杜马代表科瓦廖夫则认为，巴萨耶夫的死亡宣言是“虚张声势”。此人身为国家杜马议员，却公开指责俄罗斯军事介入车臣，为恐怖分子站台。
到底是和平谈判解决还是武力营救？抑或是谈判与武力相结合？叶氏均没给出明确指示。斯特帕申从未处理过如此棘手的事件，一时手足无措，既没找来巴萨耶夫想要的记者，也未安排谈判专家。
恐怖分子开枪打死6名俄罗斯军警伤病号，晚上又枪杀了几名人质，从窗户扔出尸体，再次向俄罗斯政府表明强硬态度，同时，给上千人质带来巨大心理压力。
15日，斯特帕申安排谈判专家与巴萨耶夫接触。此次袭击的真正目的终于浮出水面，恐怖分子提出：
俄罗斯释放关押的所有车臣人；
俄罗斯从车臣撤军；
承认车臣独立。
如何解决难题？叶氏的总方针模糊，斯特帕申拿不定主意，谈判组工作无从开展，一开始，大家认为巴萨耶夫只是要钱要人，一直围绕赎金和安全通道进行交涉，毫无谈判策略可言。俄方回复：
可支付赎金；
可提供交通工具开辟安全通道供巴萨耶夫及其部属撤离；
释放妇女、小孩、老人和重伤员。
双方陷入僵持。巴萨耶夫又要求召开新闻发布会全球直播，被斯特帕申严词拒绝。
20时，为向俄罗斯当局施压，巴萨耶夫相继枪杀了6名人质，并威胁：如再不答应召开新闻发布会的要求就再杀10人。斯特帕申只好答应。
车臣境内的恐怖分子声称在莫斯科放置了两枚大型炸·弹。俄方提高了莫斯科在内各大城市的安保等级，对重要目标增派警力、盘查过往车辆，重点关注来自高加索区域的流动人员。
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速战速决变成了僵持
16日，俄罗斯国家杜马召开会议讨论劫持事件，但仍未拿出可操作性强的指导意见。不可思议的是，在1200名人质生死未卜、全国人民最需要主心骨的时候，叶氏竟未前往布琼诺夫斯克，而是跑去加拿大参加七国集团峰会，在媒体的镜头前呼吁国际社会予以帮助。
事件的发展让越来越多的人意识到俄罗斯方面很可能会发动武力营救，叶戈罗夫在布琼诺夫斯克警察局外发表讲话表示，正在全力和巴萨耶夫谈判，不会拿无辜群众的生命冒险；车臣境内有多少恐怖分子放下武器，俄罗斯就从车臣撤出多少军人。
巴萨耶夫也没闲着。他在医院的主要通道入口布置诡雷、设置交叉火力点，同时，通过电视机里的新闻直播了解对方动态，随时准备杀人。
惊恐不安的人质挤在走廊里，周围有恐怖分子不停巡逻；缺乏食品和水，伤员得不到医疗，偶尔进去的记者会被人质当做救星；人质家属在医院外焦急等待，不断查看公示栏张贴的纸张，希望能从中得到亲人的消息……
谈判期间，阿尔法特种部队不断试图侦察医院内部情况。但是，医院前方是片开阔地，周围建筑物缺乏良好视角，恐怖分子与人质混在一起，技术和人力侦察手段效果有限，恐怖分子的兵力多寡、火力类型、阵地构筑和障碍物设置无从探知，甚至连医院主楼结构图也没有找到。
既有情报难以支撑指挥部制定完善的行动方案，突击队难以组织有针对性的临战训