叫李长安的老太监说起光绪之死的疑案。照他说，光绪在死前一天还是好好的，只是因为用了一剂药就坏了，后来才知道这剂药是袁世凯使人送来的。据内务府某大臣的一位后人告诉他，光绪死前不过是一般感冒，他看过那些药方，脉案极平常，前一天还有人看到他像好人一样，站在屋里说话，所以当人们听到光绪病重的消息时都很惊讶。更奇怪的是，病重消息传出不过两个时辰，就听说已经“晏驾”了。因此溥仪说：“总之光绪是死得很可疑的。如果太监李长安的说法确实的话，那么更印证了袁、庆确曾有过一个阴谋，而且是相当周密的阴谋。”
溥仪作为皇帝，也对这种传闻半信半疑，可见光绪死于谋害的说法影响不小。因此，无论从戊戌旧案，还是从害死光绪的嫌疑来说，处死袁世凯都在情理之中。然而，尽管隆裕太后和摄政王载沣有意杀掉袁世凯，但袁世凯最终还是逃脱一死。其中原因很多。最为盛行的说法便是张之洞保奏的结果，诸如上边穆瀛所说。另据胡嗣瑗（曾任翰林院编修）言，他曾见过内阁旧档。原来处置袁世凯的谕旨中用朱笔写有“居心叵测，着拿交法部严讯”等语，但旁边有人用墨笔旁注为“以足疾放归”。这墨笔旁注者便是张之洞。但这类说法并未得到张之洞本人的证实。后来，有人向张之洞求证此事，“张亦不明言”。
还有一种说法认为，袁世凯幸免一死，是时任军机大臣世续“力争”的结果。据说世续在隆裕太后和摄政王载沣召见时，极力为袁世凯说情，从而使袁“仅得开缺回籍”的处分。
当然，有保袁的，也有要杀袁的。极力主张杀袁的有肃亲王善耆、镇国公载泽和恭亲王溥伟。他们都力主坚决干掉袁世凯，否则养痈遗患，后害无穷。当然，隆裕太后和摄政王一开始也是赞成的。溥仪回忆说，当时摄政王为了杀袁世凯，曾想照学一下康熙皇帝杀大臣鳌拜的办法。康熙的办法是把鳌拜召来，赐给他一个座位，那座位是一个只有三条好腿的椅子，鳌拜坐在上面不提防给闪了一下，因此构成了“君前失礼”的死罪。帮助摄政王制定这个计划的是小恭亲王溥伟。溥伟有一柄咸丰皇帝赐给他祖父奕