，自己回雅库茨克求援。次年夏末，哈巴罗夫率领一百三十八名亡命之徒，携三门火炮和一些枪支弹药，再次侵入黑龙江，强占雅克萨城，不断派人四出袭击达斡尔居民，捕捉人质，掳掠妇女，杀人放火。九月底，哈巴罗夫又率领侵略军两百余人，侵入黑龙江下游乌扎拉河口中国赫哲人聚居的乌扎拉村， 强占城寨，蹂躏当地居民。英勇的赫哲人民奋起抗击，并请求朝廷予以支援。
顺治九年二月，朝廷委派宁古塔章京海包率所部进击，战于乌扎拉村，打死沙俄侵略者十人，打伤七十八人。清顺治十五年六月，宁古塔都统沙尔瑚达率战舰四十艘同侵略军激战于松花江下游，歼敌二百七十人。
顺治十七年宁古塔将军巴海率水军破敌于古法坛村，斩首六十余级，溺水死者甚众。
经过军民多次打击，侵入黑龙江流域的俄国侵略军一度被肃清。顺治末年至康熙初年，沙俄利用朝廷忙于平定三藩之乱，侵占了中国领土尼布楚（今俄罗斯涅尔琴斯克）和雅克萨等地，并在那里构筑寨堡，设置工事。还以此为据点，不断对黑龙江中下游地区进行骚扰和掠夺。朝廷虽多次警告，都无济于事。
在同沙俄的长期交涉中，康熙意识到，若非“创以兵威，则罔知惩畏”，于是决意征剿。同时也认识到，“昔发兵进讨，未获翦除”的原因，一是黑龙江一带没有驻兵，从宁古塔出兵反击，每次都因粮储不足而停止。二是沙俄侵略军虽为数不多，但由于“筑室散处，耕种自给”，加上尼布楚人与之贸易，故使其得以生存。于是造成“我进彼退、我退彼进，用兵不已，边民不安”的局面。
针对这种情况，康熙采取恩威并用、剿抚兼施的方略，即发兵扼其来往之路，屯兵永戍黑龙江，建立城寨，与之对垒，进而取其田禾，使之自困。同时再辅以严正警告。
如果沙俄仍执迷不悟，则坚决予以歼灭。为此，康熙采取了一系列措施，加强边防建设，准备剿灭沙俄侵略军：侦察地形敌情，派兵割掉侵略军在雅克萨附近种植的庄稼，又令蒙古车臣汗断绝与俄人的贸易，以困惫和封锁侵略者；屯戍要地，康熙二十一年十二月，决定调乌喇（今吉林市北）、宁古塔兵一千五百人往黑龙江城一带，驻扎爱珲、呼玛尔（今呼玛南）。后鉴于两处距雅克萨路途遥远，令呼玛尔兵改驻额苏里（今俄斯沃特德内西南）。次年七月，宁古塔副都统萨布素率军进驻额苏里。九月，确定在爱珲筑城永戍，预备炮具、船舰。同时派乌喇、宁古塔兵五六百人、达呼尔（今黑龙江嫩江县境）兵四五百人，调往爱珲一带；修整战具，设置驿站，运储军需。这些措施，适合当时东北边防斗争的需要和特点。
这是因为黑龙江至外兴安岭地区距东北腹地遥隔数千里，同沙俄这样的入侵者斗争，单靠当地人民的部落武装无法制止其侵略。必须筹划全边，扼要屯兵戍卫，在适当地点控制一定兵力作机动，才能对付沙俄飘忽不定的反复侵扰。为此，需要建立相当数量的驿站和粮站，开辟水陆交通线和筹集运输工具，从而保障反击作战的胜利，并在反击胜利后建立一条较完整的边界防守线，才有利于长期的边防斗争。
康熙二十二年九月，勒令盘踞在雅克萨等地的沙俄侵略军撤离清领土。俄国不予理睬，反而率兵窜至爱珲劫掠，康熙派兵将萨布素将其击败，并将黑龙江下游侵略军建立的据点均予焚毁，使雅克萨成为孤城。但侵略军负隅顽抗。康熙二十四年正月二十三日，为了彻底消除沙俄侵略，康熙命都统董鄂.彭春赴爱珲，负责收复雅克萨。
四月，董鄂.彭春统率三千军队，携战舰、鸟枪、火炮和刀矛、盾牌等兵器，从爱珲出发，分水陆两路向雅克萨开进。五月二十二日抵达雅克萨城下，当即向俄军头目托尔布津发出通牒。托尔布津恃巢穴坚固，有兵四百五十人，炮三门，鸟枪