案子搁浅了。整个关键在崔尊彝和潘英章身上，这两个人不到案，就是将在逃的书办抓到了，依然无用，因为没有对证，便可抵赖。
就在这个时候，刚毅升了官，外放为广东的一个好缺，潮嘉惠道。惇王和潘祖荫到御前请旨，派朱光第接手，主办本案。阅过全卷以后，他提出一个看法，认为正本清源，先要就事论事，查核两省报销案中，那一项可以报销，那一项不可以报销？
潘祖荫认为这话很有道理，并且引伸他的看法，确定了办理此案的宗旨，将案内所有涉嫌人犯汇齐。审讯对质，要问枉法不枉法，当以应销不应销为断。
于是传讯户部及工部的承办报销案的司官，各递'亲供';。有的说："军需用款，均按照咸丰十二年前成案办理"；有的说："查照乾隆年间例案核办"；有的说："遵照同治七年奏定章程核销"，各人一个说法，各人一个根据，纷歧叠出而语焉不详，刑部只知道其中必有毛病，却不知毛病何在？
这就只有一个办法了，奏请饬下户部、工部堂官，指派干练的司官秉公核算，一时帐簿纷繁，算盘滴答，刑部大堂，热闹非凡。
这一来，王文韶装聋作哑就有装不下去之势了——因为说他受贿巨万，他可以表示清者自清，浊者自浊，总有水落石出的一天，所以越泰然便越显得问心无愧。但在他署理户部尚书任内，已经核销结束的案子，奉旨重新核算，便无异朝廷明白宣告：王文韶不可信任。
不但他自己如此想法，清流也在等候这样一个时机。自然又是张佩纶动手，时机也把握得刚刚好。眼见到了谷雨节气，京中的天气逐渐燥热，皇帝最不喜天热，尤其是北京城在清明、谷雨节气之中，天气干燥，让人虚火上升。他就是在这个时候，身体不适，连着三天卧病在床，连召见军机处，也只好在病榻上进行——这也更让他的心情坏到了极致，这样的天气虽然燥热，但屋外春光大好，自己却要拥被高卧，换做是任何人，也会烦闷的！
张佩纶的折子便是在这时候上的，缘由是"请饬廷臣引嫌乞养，以肃政体而安圣心"，在折子中，将王文韶贬得一文不值，说他"虽无秽迹，本亦常才，就令伴食中书，束身寡过，殆未能斡旋时局，宏济艰难；今屡受弹章，望实亏损，度其志气消沮，愤懑不平，内发叹咤之音，外为可怜之意，久居要地，窃恐非宜。"
接着引用乾隆朝的一个大臣，也是杭州人的梁诗正的故事。梁诗正物望不孚，高宗暗示他辞官，而梁诗正恋栈不去，于是高宗趁南巡经过杭州之便，命梁诗正在家侍养八十岁的老父，以为保全之计。张佩纶认为这个故事，正适用于王文韶："例载：亲年八十以上，即有次丁终养者。王文韶母年八十有三，终鲜兄弟，养亲乃人生至乐，当此崦嵫渐迫，喜惧交萦，实亦报国日长，报亲日短之际。若听其去官终养，该侍郎家在杭州，有湖山以涤尘氛，有田园以供甘旨。"如其不然，就算王文韶"持禄保身，其子庆钧，及其交游仆从，狂恣轻扬，非王文韶所能约束，必令白首偏亲，目见子孙不肖之事，忧危惶惧，损其余年，殆非文韶所忍出也。"
最后是在'以安圣心';这句话上做文章，说"皇上圣躬虽渐臻康复，犹宜颐养舒勤，乃二月初一日因邓承修劾王文韶，召见枢臣，初六日因两省报销案，又召见枢臣，此两日并无内外简放员缺，亦无各省急递章奏，当霜风渐厉之时，正几暇养和之日，乃以文韶奉职无状，至增宵旰忧劳。该侍郎夙夜扪心，能无悚愧？"因而要求：将他的这个奏折，交下军机处，'令王文韶善于自处。';
皇帝也顺水推舟，不作任何表示的将原折发了下去。王文韶一看汗流浃背，识得张佩纶的严重警告，如果再不'善于自处';，他还有更厉害的手段，要参劾他的儿子王庆钧以及门客仆从，仗势恃强，