的计划。刘铭传雄心勃勃，计划用十年时间大干一场，彻底改变台湾的面貌。
台湾的军事落后，刘铭传有切肤之痛。早在刚到台湾不久，他便着手大力整顿军务。中法战争结束后，更是腾出手来，对部队进行全面改造。他接管了全部驻台部队，包括刘璈的湘军，对不合格的官兵进行精减、淘汰。在此基础上，编练精兵三十五营，练军三营。全部改换新式洋枪，聘请外国教官进行训练。为了补充兵员，他还不断从家乡合肥招募兵勇，加上他原先带来台湾的淮勇，淮军人数一度增至十几营。在他的编练之下，三年后全台总兵力达到四十三营，两万两千人。
在军事布防上，刘铭传一直认为日本是我国最大的威胁。因此，他将台湾的防务重点放在台北一带，部署了全台近半数以上兵力。他还在重要海口，如基隆、沪尾、澎湖、安平、旗后修筑十座炮台，购置西式的钢炮三十一门，并配备下沉水雷、碰雷等，与炮台相互呼应。他还设立机器局、军械所、火药局、水雷局，以及机器厂、汽炉房、打铁房等，自制枪支弹药。
在治理军务的同时，刘铭传还大力整顿吏治，打击贪官污吏和豪强劣绅。第一个被他拉下马的就是台湾兵备道刘璈。
台湾军政官员主要来自内地，多出于湘系和淮系。文官知县以上，非湘即淮。刘铭传主台前，台湾是刘璈一统天下；刘铭传上任后，淮系后来居上。从势力范围看，淮系控制着台北、台中一带，而台南则为湘系所把持。刘璈是湘系在台湾的头面人物，此人为官二十余载，其势力盘根错节，布满要津。应该说，刘璈主台多年，对台湾的防卫和建设亦有功劳。据《台湾通史》记，光绪十一年(1885年)春二月，孤拔欲攻台南，托英国领事约刘璈来船上谈判，左右都劝说不能去，但刘璈答曰：不去以为我怕他，咄，我岂是畏死之人？临行前，他指示炮台，如遇警即开炮，不要考虑我在敌船上边。孤拔置酒相迎，言谈中威胁说，台南城池小，兵力弱，将以何战？刘璈回答说：“然城，土也，兵，纸也，而民心，铁也。”孤拔默然，法舰亦去。
刘铭传抚台后，二刘一直不和。刘璈依仗左宗棠等湘系大员的支持，多次纠弹刘铭传和淮系官吏，刘铭传对此痛恨不已。中法战事一结束，他便腾出手来拿刘璈开刀了，先后查出他的问题共十八条。如，利用手中的职权常年吃空饷；虚支巨款、扣存冒银、任意冒销，可谓“贪污狡诈，劣迹多端”等等，奏请朝廷将其革职。不久，朝廷派员核查，基本属实。光绪十一年（1885年）十月间，清廷连续下旨，认定“该革道(刘璈)以监司大员总理营务，辄敢虚支巨款，任意冒销。律以监守自盗，罪无可辞”，决定处以斩监候(即死缓)，后改为流放黑龙江，并对其所有家产(包括任所、原籍) 一并查抄。
在办理此案中，对于刘璈的同伙和党羽，刘铭传也一并进行了清除。原提督高登玉被从重“发往军台效力赎罪”；原同知胡培滋被革职，驱除回籍，“永不叙用”；原副将张福胜、原知府刘济南等也“一并革职”。
在吏治整顿中，对于那些为非作歹，拒不听命的官员，刘铭传也该革的革，该杀的杀，该撤的撤，该办的办。宜兰县令王家驹公然勒索富绅周家芳，为逼周家就范，还把周家芳的兄弟抓了起来。周家向刘铭传告状，刘令王家驹放人，可王拒不听命。刘铭传派人查清情况后，得知王家驹在办理捐款中收受贿赂，随意增减甚至免除数额，存在“诸多不公”。于是立即弹劾王家驹，将其革职查办。
据史料记载，刘铭传主台后，查办的官员不在少数。镇海前军记名提督方春发剋扣饷银，勾结知县陈海春贩运烟土，听任部下吸食，以致营务废弛；镇海前军右营总兵桂占彪“减发银两，扣发存饷”，紊乱营规，实属大干法纪；游击郑有勤、守备张安珍、候补