下达的第三日，他便以“目疾沉重”，请求开去巡抚本缺。
其实，早在两个月前，刘铭传就请过一次病假。那是在他被朝廷“传旨申饬”之后。朝廷给假一月，到期后他又上折子请求因病开缺。朝廷仍不准，给假三月。在这期间，他的官商合办计划再次受挫，并受到革职留任的处分。于是，假期一满，他便又一次上奏，声称病情加剧，请开缺调理；如不得请，恳请赏假，内渡就医。
朝廷看了他的报告，疑他是在斗气，心中大为不快，再次对他“传旨申饬”，不过仍赏假三月，在任内调理，毋庸开缺。
可刘铭传此时早已心灰意懒，归意已决。假期一满，他又第四次上奏请求开缺，而且语气坚定。这一次，朝廷终于批准了他的请求。光绪十七年三月二十七日(1 891年5月5日)谕云：“刘铭传奏，病仍未愈，恳请开缺一折。福建巡抚刘铭传着准其开缺，并开去帮办海军事务差使。”
这是刘铭传最后一次辞官。表面看是由基隆煤矿而起，实则不然。自从主台以来，六年的劳苦和纷扰，加上谤书盈箧，窒碍甚多，这些早已使他心力交瘁，身心俱疲，特别是朝局的变化使他彻底失望，这才是他辞官的真正原因。台湾建省之初，清廷曾给刘铭传大力支持，并对他充分信任。加上奕譞和李鸿章的鼎力相助，刘铭传的很多想法和建议都能得以通过，包括办防、铁路、电报、邮政、学堂等诸多方面的改革在内。他还几度获得封赏：光绪十五年（1889年）正月，赏加太子少保衔；光绪十六年（1890年）正月，赏加兵部尚书衔；同年三月，以台湾巡抚帮办海军事务。当时海军衙门刚成立不久，该机构的规格很高，由奕譞为总办，李鸿章等为会办，其地位甚至高于总理各国事务衙门。
然而，中法战争后，李鸿章坐镇北洋，淮系势力进一步扩张，这引起了湘系和朝中其他势力的不安，于是派系之间的斗争日趋复杂。刘铭传作为淮系大员、李鸿章的亲信，自然身陷漩涡，难以撇清。刘璈被清除后，湘系势力受到打击，虽然左宗棠已去世，可曾国荃等湘系大员岂能坐视不管？加上刘铭传的新政不仅触犯了当地的利益集团和旧势力，也引起了朝中保守派的不满。各种因素形成合力，一起针对刘铭传，对他的弹劾也越来越多。
比如，有人拿他在清赋中出现的问题做文章，纠参他“任用非人，漫视民瘼”，“以致奸民、土匪乘机作乱”；彰化等地由于摊派严重，导致“一乡尽逃，台南尤胜”。还有人指责他在抚番上操之过急，措置失当，以致民心未协，不断激起番变。刘铭传开设招商局，买了两艘轮船，也被批评为赔累甚大。总之，对他的攻击无处不在。
光绪十四年(1888年)12月13日，朝廷将言官的谤书(检举信)抄转给刘铭传阅看。这实际上就是一个警告。尽管朝廷的语气尚属平和，认为“刘铭传自简任台湾巡抚以来，办事尚为得力”，但同时又说“参折所陈，均不为无因”，要求刘铭传接受朝廷的训诫，对照问题，“平心省察，据实复奏”。
清廷这么做自然是为了敲打他，其潜台词也显而易见，那就是：你的问题朝廷已经掌握了，你可得小心点了!
这对刘铭传来说，当然不是一个好兆头。光绪十五年（1889年）正月，光绪皇帝亲政。围绕慈禧归政，帝党和后党的矛盾日渐凸显。在年轻的皇帝看来，淮系和刘铭传都是后党一派，对他颇多戒心。
这样一来，刘铭传的日子越来越不好过了。最让他痛心的是，他的办防计划也遭到阻挠，无法实现。在刘铭传诸多新政中，办防始终是第一位的。因为中法战争给他太多的教训。由于海防薄弱，“一有兵争，仓皇束手”。他多次上书，呼吁清廷加大海防投入，他还希望能够为台湾建立一支海军。可是，他的这些希望均一一落空。光