那么简单，在其背后可能隐藏着更大的阴谋。那么，究竟谁是幕后黑手呢？
嫌疑最大的有两个：一是清政府，二是袁世凯。吴禄贞鼓动二十镇发难，截军火，劾荫昌，组织燕晋联军，合击北京，这对清政府构成极大威胁。清政府除掉吴禄贞，符合清政府的意愿，但载涛的回忆否认了这种可能。他说，吴禄贞被刺是朝廷干的并不可信。清朝当权各亲贵，在武昌起义的冲击下，早已慌作一团，形成朝不保夕的状态，连袁世凯的牢笼都不得不甘受，哪有处理吴禄贞的余裕。况且良弼又是吴禄贞的平生知己，如何能够公然下手买凶刺吴？
至于吴禄贞被刺的当天夜里，军谘府第三厅厅长陈其采刚好到了石家庄，似乎是个疑点。但载涛解释说，陈到石家庄并非政府指派，而是他个人行为。因他见到政局动荡，想去石家庄找吴禄贞为自己谋一条出路，恰巧刺杀发生了，这完全是一个巧合。而他事后又逃回向我报告，于是就产生杀吴与清朝当权者有关的谣传，甚至还有人说吴死后，周（符麟）以吴首级给我看过，我奖周以二十四万两白银等等，都是不足凭信的。
载涛身为军谘府大臣，又是摄政王载沣的亲弟弟，是当时清廷核心圈中的人物。清廷策划杀吴，他不可能不知道。如果他的话属实，清政府的嫌疑似乎可以排除。
时在军谘府任科长的李炳之也认为，杀吴绝非清廷所为。他撰文说，因为吴禄贞曾经扣留枪械，事情发生之后，就有人怀疑是清政府派人暗杀的。但据我了解，清室并没有这个计划。京旗镇（即指宫长贵部）仓皇撤退，便是证明。如果清政府已经掌握了吴禄贞响应革命与山西民军合流的情报，本可以将他拿问，或用京旗镇解决吴，无须采取暗杀手段。
如果排除了清廷所为，那么剩下的最大嫌疑就是袁世凯了。何遂回忆说，关于吴禄贞被刺，有说是清廷主使，也有说是袁世凯主谋。过了许多年以后，当1924年国民军占领北京的时候，段祺瑞又被捧出来执政。有一次我和段祺瑞的长子段宏业闲谈。他大赞马蕙田，说：“马蕙田是英雄，够朋友，他的行动省了不少不少的事。”他指的就是当年杀吴的事。何遂据此推测，这事可能是袁世凯干的。袁世凯杀了吴禄贞，也就破坏了北方军人起义的计划，使他的野心可以更顺利地实现了。
段祺瑞是袁世凯的亲信，又是北洋第六镇的老统制，周符麟和马蕙田都是他的部下，而吴被刺后，袁世凯又命段负责查办。在整个案件中，他是知情较多者。其子段宏业把马蕙田视为英雄，一语泄露天机，恐怕绝非是空穴来风。
另据任芝铭的回忆，他也曾听袁世凯的贴身随从唐天喜谈到这件事。任芝铭曾在唐天喜家中任教馆多年，与唐无话不谈。唐天喜曾亲口对他说，吴禄贞是袁世凯指使人杀的。袁世凯杀吴的动机由来已久。在新建陆军中，吴禄贞和良弼一直是与北洋派作对的。老头子（指袁世凯）不止一次说要除掉吴禄贞，有时不明说，用右手作砍头的手势。袁世凯复出后，吴禄贞又扣留了接济他的军火。袁世凯听了这个消息，急得吐了两口血。因此，他下决心要干掉吴禄贞。据任芝铭说，唐天喜当时还把袁世凯派什么人去贿通周符麟，给了多少万两银子，在哪一个银行拨的款，以及银行名称等都对他说了，可惜时间久了，他已经忘了。另有元柏香的回忆也提到这件事，他说马蕙田杀了吴禄贞，周符麟当面交给马五万酬金。马在保定妓院，买妓女“看蕊”就花了两万。
总之，在辛亥革命研究史中，袁世凯策划了这起血案几乎成了一种较为普遍的看法。但除了间接的线索和分析之外，并没有直接的证据能证明这事就是袁世凯干的，因此这件事一直扑朔迷离，难有定论。不过，可以肯定的是，吴禄贞被刺，袁世凯是最大的受益者，这是不争的事实。
袁世凯出山后，