获翦除”的原因，一是黑龙江一带没有驻兵，从宁古塔出兵反击，每次都因粮储不足而停止。二是沙俄侵略军虽为数不多，但由于“筑室散处，耕种自给”，加上尼布楚人与之贸易，故使其得以生存。于是造成“我进彼退、我退彼进，用兵不已，边民不安”的局面。
针对这种情况，康熙采取恩威并用、剿抚兼施的方略，即发兵扼其来往之路，屯兵永戍黑龙江，建立城寨，与之对垒，进而取其田禾，使之自困。同时再辅以严正警告。
如果沙俄仍执迷不悟，则坚决予以歼灭。为此，康熙采取了一系列措施，加强边防建设，准备剿灭沙俄侵略军：侦察地形敌情，派兵割掉侵略军在雅克萨附近种植的庄稼，又令蒙古车臣汗断绝与俄人的贸易，以困惫和封锁侵略者；屯戍要地，康熙二十一年十二月，决定调乌喇（今吉林市北）、宁古塔兵一千五百人往黑龙江城一带，驻扎爱珲、呼玛尔（今呼玛南）。后鉴于两处距雅克萨路途遥远，令呼玛尔兵改驻额苏里（今俄斯沃特德内西南）。次年七月，宁古塔副都统萨布素率军进驻额苏里。九月，确定在爱珲筑城永戍，预备炮具、船舰。同时派乌喇、宁古塔兵五六百人、达呼尔（今黑龙江嫩江县境）兵四五百人，调往爱珲一带；修整战具，设置驿站，运储军需。这些措施，适合当时东北边防斗争的需要和特点。
这是因为黑龙江至外兴安岭地区距东北腹地遥隔数千里，同沙俄这样的入侵者斗争，单靠当地人民的部落武装无法制止其侵略。必须筹划全边，扼要屯兵戍卫，在适当地点控制一定兵力作机动，才能对付沙俄飘忽不定的反复侵扰。为此，需要建立相当数量的驿站和粮站，开辟水陆交通线和筹集运输工具，从而保障反击作战的胜利，并在反击胜利后建立一条较完整的边界防守线，才有利于长期的边防斗争。
康熙二十二年九月，勒令盘踞在雅克萨等地的沙俄侵略军撤离清领土。俄国不予理睬，反而率兵窜至爱珲劫掠，康熙派兵将萨布素将其击败，并将黑龙江下游侵略军建立的据点均予焚毁，使雅克萨成为孤城。但侵略军负隅顽抗。康熙二十四年正月二十三日，为了彻底消除沙俄侵略，康熙命都统董鄂.彭春赴爱珲，负责收复雅克萨。
四月，董鄂.彭春统率三千军队，携战舰、鸟枪、火炮和刀矛、盾牌等兵器，从爱珲出发，分水陆两路向雅克萨开进。五月二十二日抵达雅克萨城下，当即向俄军头目托尔布津发出通牒。托尔布津恃巢穴坚固，有兵四百五十人，炮三门，鸟枪三百支，拒不从命。
彭春于五月二十三日分水陆两路列营攻击。陆师布于城南，集战船于城东南，列炮于城北。二十五日黎明，彭春下令发炮轰击，俄国侵略军伤亡甚重，势不能支。托尔布津乞降，遣使要求在保留武装的条件下撤离雅克萨。经彭春同意后，俄军撤至尼布楚。赶走侵略军后，平毁雅克萨城，即行回师，留部分兵力驻守爱珲，另派兵在爱珲、墨尔根屯田，加强黑龙江一带防务。
沙俄侵略军被迫撤离雅克萨后，贼心不死，继续拼凑兵力，图谋再犯。康熙二十四年秋，莫斯科派兵六百增援尼布楚。当获知清军撤走时，侵略军头目托尔布津又率大批沙俄侵略军再次窜到雅克萨。俄军这一背信弃义的行为引起朝廷的极大愤慨。次年初，康熙接到奏报，即下令反击。
七月二十四日，两千多兵马进抵雅克萨城下，将城围困起来，勒令沙俄侵略军投降。托尔布津不理。八月，开始攻城，托尔布津中弹身亡，改由杯敦代行指挥，继续顽抗。八月二十五日，考虑到沙俄侵略者死守雅克萨，必待援兵，且考虑隆冬冰合后，舰船行动、马匹粮秣等不便，于是在雅克萨城的南、北、东三面掘壕围困，在城西河上派战舰巡逻，切断守敌外援。
俄军被围困，战死病死很多，八百二十六名守军，最后只剩六十六